Grundlage der pädagogischen Arbeit in der Franz-von-Sales-Jungenrealschule in Ehingen ist – wie auch in der Franz-von-Sales-Mädchenrealschule Obermarchtal – der Marchtaler Plan für die Katholischen Freien Realschulen in der Diözese Rottenburg-Stuttgart. Mit seinen Elementen Morgenkreis, Vernetzter Unterricht, Freie Stillarbeit und Fachunterricht unterstützt er gezielt ein abwechslungsreiches Lernen, das auf die Beteiligung aller Sinne ausgerichtet ist. Ein kindgerechter Schulgottesdienst am Freitag („Schluss-Stein“) rundet die Schulwoche ab.
Ziel ist es, die Schüler zu einem anschlussfähigen Realschulabschluss zu führen. Deshalb wird in Klasse 7 neben den Wahlmöglichkeiten „Technik“ und „Alltagskultur, Ernährung, Soziales“ bewusst auch Französisch als zweite Pflichtfremdsprache zur Wahl angeboten.

Mit zwei Fremdsprachen besteht die Möglichkeit, nach dem Realschulabschluss auf das Aufbaugymnasium in Obermarchtal oder auf eines der beruflichen Gymnasien der Stadt Ehingen zu wechseln. Dieser Weg auf eines der beruflichen Gymnasien steht auch für die Schüler offen, die in Klasse 7 nicht die zweite Fremdsprache, sondern „Technik“ oder „Mensch und Umwelt“ gewählt haben.